Хөгжлийн бэрхшээлтэй хүний хөгжлийн ерөнхий газрын удирдлагад дарга, дэд дарга, хэлтэс нэгжид Тамгын газар, Бодлогын хэрэгжилтийн газар, Хөгжил нийгмийн оролцооны газар болон Хяналт шинжилгээ-үнэлгээний газар гэсэн дөрвөн газартай. Хөгжлийн бэрхшээлтэй хүний хөгжлийн ерөнхий газрын харьяа байгууллага болох Хөгжлийн бэрхшээлтэй хүүхдийн сэргээн засах хөгжлийн төв, Сэргээн засалт, сургалт, үйлдварлэлийн төвүүдтэй ба Сэргээн засалт сургалт үйлдвэрлэлийн төв нь  Сэргээн засах төв, Протез ортопедын үйлдвэр болон Мэргэжлийн боловсрол, ур чадвар олгох сургууль багтдаг.